標的遺伝子内のdruggableなスプライシングサイトとスプライシングを調節する低分子化合物を探索する技術プラットフォーム。

投資家向けプレゼン資料によると、splicing targetのデータベース、isoform plex screening、HTSpliceseqの3つの技術を使って創薬を行うとしている(p,8及び44)。

データベースは、疾患を引き起こす遺伝子のpre-mRNA内にあるsplicing targetを集めたものである。データ収集の方法について詳細は不明だが、スプライシング調節化合物ライブラリやnon-canonicalな5' splicing siteの配列情報を使って、疾患を引き起こす遺伝子の発現を低下させるスプライシングサイトおよび化合物を探索するものだと考えられる(p,36-42)。

また、Isoform plex(p.44)は図から推察してNanostringなどのバーコードシステムを用いて、数百サイトのmRNAのスプライシングを多重化して検出するアッセイ手法であると思われる。 PTC社が持つRNA標的化合物ライブラリーの中から、スプライシング調節化合物を探索する目的で活用されている(p.46)。

HTSpliceSeq(p.44)は特定のmRNAのスプライシング調節を様々な配列で評価する技術であり、標的mRNAの標的スプライシングサイトとなる前後のExonとIntronのみからなる簡易的な遺伝子(minigene)を細胞株に発現させ、様々なminigeneの配列を用いた時のスプライシングの変化をシーケンシングやPCRによって検出する。 スプライシング調節化合物のRNAへの結合配列を解析する目的でも活用できる。

別のプレゼン資料では、3種類のnon-canonical exon(endogenious, mutation, Pseudo-exon)が存在すること(p,7)、それぞれの種類のnon-canonical exonが、上市品や開発済みのパイプラインの標的と一致している(Endogenious : SMN2 exon7, Mutation : IKbKAP Exon2 inc, Pseudo-exon : Htt)ことを説明している(p,8)。

2021年の論文では、ハンチントン病の原因遺伝子であるHTTに対し、スプライシング調節により偽エキソン(psiEson)を生じさせ発現量を低下させる化合物について報告している。

HTSpliceseqという文言は使われていないが、スプライシング調節化合物が標的とする配列に変異を生じさせたミニ遺伝子ライブラリーを培養細胞に導入し、化合物の結合部位を解析している(Fig. 4c,d)。